要約：ConEmuの起動時に-new_console:nを加えればOK。Windows7 32bitで確認しました。
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修正前
先月、ConEmu導入時の記事でバッチファイルをConEmuで開くレジストリ設定を書いたけど、自動で終了させる（最後にPAUSEとか置いてない）バッチを実行してもウィンドウが消えないと判明。

例えば ↓ こんな1行だけのhoge.batを作ってダブルクリックすると、コマンドプロンプトなら一瞬ウィンドウが出てすぐ閉じます。
@echo ConEmu Batfile Test

でもバッチをConEmuで実行すると、最後に ↓ こんなメッセージが出てウィンドウが残り、手動でエンターかエスケープを押さないと閉じれません。
ConEmuC: Root process was alive less than 10 sec, ExitCode=0.
Press Enter or Esc to close console...


こう動作する理由はドキュメントのFAQに ↓ 明記されていて、パラメータ-new_console:nを付けて起動すれば無効にできるとあります。
»ConEmu Documentation›FAQ
Q. What is the purpose of the 'Press Enter to close console...' confirmation displayed after all commands finished executing?
A. If the console would close automatically, you would not see neither the results of the executed command, nor any error messages.

Q. How to disable 'Press Enter to close console...'?
A. The confirmation is disabled automatically, if:

    the root console command runs for more than 10 seconds, or
    Far Manager is the root process, and the ConEmu plugin is loaded. 

A. Add the parameter -new_console:n to the launched command.


レジストリ修正
対策が分かったので、ConEmu導入時に設定したバッチファイルのレジストリ設定を変えます。

最初、拡張子batが「batfile」という種類にひも付けられているか確認。あえて変更してなければ、普通はこうなってると思います。場所は下記のとおり。
[HKEY_CLASSES_ROOT\.bat]
@="batfile"


次にbatfile下にある、ファイルを開いた時のコマンド（shell→open→command）を変更。ConEmuのパスは環境に合わせて適宜設定して下さい。
[HKEY_CLASSES_ROOT\batfile\shell\open\command]
[.....]\ConEmu.exe /cmd "%1" %* -new_console:n


修正結果はWindowsの再起動なしに反映されました。これで、バッチファイル終了時の動作がコマンドプロンプトと同じに。なおエミュレータなのでバッチの動作がコマンドプロンプトより若干遅いです。